home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00170 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  52 lines
  1. *******************************************************
  2. * Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature *
  3. *******************************************************
  4.  
  5. Cytochrome b5  is  a  membrane-bound  hemoprotein  which  acts as an  electron
  6. carrier for several membrane-bound  oxygenases [1].   There are two homologous
  7. forms of b5, one  found in microsomes and one  found in the outer  membrane of
  8. mitochondria.  Two conserved histidine residues serve as axial ligands for the
  9. heme group.    The  structure of  a number  of oxidoreductases consists of the
  10. juxtaposition of  a  heme-binding domain homologous to that of b5 and either a
  11. flavodehydrogenase or a molybdopterin domain. These enzymes are:
  12.  
  13.  - Lactate dehydrogenase  (EC 1.1.2.3) [2], an   enzyme  that  consists  of  a
  14.    flavodehydrogenase domain and a heme-binding domain called cytochrome b2.
  15.  - Nitrate reductase (EC 1.6.6.1), a key enzyme involved in  the first step of
  16.    nitrate  assimilation in  plants, fungi  and  bacteria [3,4]. Consists of a
  17.    molybdopterin domain, a heme-binding domain called cytochrome b557, as well
  18.    as a cytochrome reductase domain.
  19.  - Sulfite oxidase (EC 1.8.3.1) [5],  which catalyzes the terminal reaction in
  20.    the oxidative degradation  of sulfur-containing  amino acids. Also consists
  21.    of a molybdopterin domain and a heme-binding domain.
  22.  
  23. This family of  proteins  also includes TU-36B, a Drosophila muscle protein of
  24. unknown function [6].
  25.  
  26. We used a segment which includes the first  of the two histidine heme ligands,
  27. as a signature pattern for the heme-binding domain of cytochrome b5 family.
  28.  
  29. -Consensus pattern: [FY]-[LIV]-x(2)-H-P-G-G
  30.                     [H is a heme axial ligand]
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Yeast acyl-CoA desaturase 1 (OLE1).
  33.  
  34. -Expert(s) to contact by email: Rouze P.
  35.                                 pirou@gengenp.rug.ac.be
  36.  
  37. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  38.  
  39. [ 1] Ozols J.
  40.      Biochim. Biophys. Acta 997:121-130(1989).
  41. [ 2] Guiard B.
  42.      EMBO J. 4:3265-3272(1985).
  43. [ 3] Calza R., Huttner E., Vincentz M., Rouze P., Galangau F., Vaucheret H.,
  44.      Cherel I., Meyer C., Kronenberger J., Caboche M.
  45.      Mol. Gen. Genet. 209:552-562(1987).
  46. [ 4] Crawford N.M., Smith M., Bellissimo D., Davis R.W.
  47.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:5006-5010(1988).
  48. [ 5] Guiard B., Lederer F.
  49.      Eur. J. Biochem. 100:441-453(1979).
  50. [ 6] Levin R.J., Boychuk P.L., Croniger C.M., Kazzaz J.A., Rozek C.E.
  51.      Nucleic Acids Res. 17:6349-6367(1989).
  52.